病原微生物指朊毒体、寄生虫（原虫、蠕虫、医学昆虫）、真菌、细菌、螺旋体、支原体、立克次体、衣原体、病毒。
按照各自生理生化特征鉴别。
1。 大肠杆菌
鉴别方法： 培养基中加入伊红美蓝 大肠杆菌遇之，菌落呈深紫色，并有金属光泽，可鉴别大肠杆菌。
2。绿脓杆菌绿脓杆菌（p.aeruginosa）或称铜绿色假单胞菌
鉴别：分解蛋白质能力甚强，而发酵糖类能力较低，分解葡萄糖，伯胶糖，单奶糖，甘露糖产酸不产气，不分解麦芽糖，菊糖和棉籽糖，甘露醇、乳糖及蔗糖，能液化明胶。分解尿素，不形成吲哚，氧化酶试验阳性，可利用枸椽酸盐。不产生H2S，MR试验和VP试验均为阴性。
3 链球菌：链球菌(Streptococcus)是化脓性球菌的另一类常见的细菌
鉴别方法：能发酵简单的糖类，产酸不产气。一般不分解菊糖，不被胆汁或1%去氧胆酸钠所溶解。这两种特性用来鉴定甲型溶血型链球菌和肺炎球菌。
病原体侵入人体后，人体就是病原体生存的场所，医学上称为病原体的宿主。危害性最大。病原体在宿主中进行生长繁殖、释放毒性物质等引起机体不同程度的病理变化，这一过程称为感染。不过人体或动物不像人工培养细菌的培养基，可以让病菌不受限制地肆意生长繁殖，轻易地导致机体死亡。病原体入侵人体后，在发生感染的同时，能激发人体免疫系统产生一系列免疫应答与之对抗，这称之为免疫。
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